Period rata je obilježen devastacijom, dezintegracijom i dezorganizacijom. Pa ipak, rad Zavoda na prevenciji, liječenju i rehabilitaciji ovisnika provodi se u kontinuitetu tokom svih ratnih godina slijedeći predratnu humanističku orijentaciju.
Nakon agresorskog protjerivanja sa lokaliteta Jagomir, 16.05.1992. godine, Zavod sa smanjenim obimom nastavlja rad u Centru za mentalno zdravlje Kliničkog centra Sarajevo. Odlukom Kolegija Generalnog direktora Kliničkog centra, ova ranije republička ustanova se transformiše u Odsjek za alkoholizam i narkomaniju pri Centru za mentalno zdravlje do kraja ratnih dejstava.
Paralelno sa borbom za preživljavanje, stručnjaci Zavoda se već od 1992 godine uključuju u aktivnosti vezane za psihološku podršku i pomoć stanovništvu opkoljenog Sarajeva. U osam timova multidisciplinarnog sastava posjećivani su kolektivni centri za izbjeglice i raseljena lica u mjesnim zajednicama koje su u to vrijeme bile dostupne. Pored ovog zaposleni Zavoda su bili uključeni i u Projekat “Psihosocijalni aspekti rata u BiH”.
U ovom periodu dio predratnih kadrova Zavoda aktivno učestvuje u sanitetu Armije, a rad u Zavodu se odvija po principima ratne doktrine liječenja i tretmana ovisnika. Po odluci Direktorijuma KC i Ministarstva zdravstva Kantona Sarajevo, a na inicijativu Generalštaba Armije RBiH, od septembra 1995 godine uspostavlja se funkcija brigadnog psihijatra koja je bila obavezujuća i za sve psihijatre Zavoda.
U periodu rata veći broj zaposlenih Zavoda je bio uključen u različite edukativne treninge, vezane za psihološku ratnu traumu i tretman, koji su bili organizovani od strane različitih internacionalnih organizacija. Prije svega treba istaći Ljekare bez granica (MSF), WHO, Corridor, Health Net International, SweBiH (Švedsko – Bosanski program psihološke i socijalne podrške BiH za implementaciju Programa Mentalno zdravlje u zajednici), CRS i druge.
Masovna psihološka trauma kao najvažnija karakteristika ratnog perioda, javljala se u komorbiditetu sa bolestima ovisnosti, što je u to vrijeme predstavljalo novi profesionalni izazov, ali su stručnjaci Zavoda putem pomenutih treninga usavršavajući svoja stručna znanja, radili i “na sebi” kako bi se što lakše nosili sa postavljenim ratnim zadacima.
Prema jednom istraživanju koje je provedeno u Zavodu za alkoholizam, u periodu rata 1992 -1995., postojala je očigledna povezanost traume i pijenja, kao i upotrebe, psihoaktvih supstanci u signifikantnom broju slučajeva.