Sa završetkom rata u Bosni i Hercegovini, Zavod nastavlja svoj rad u istim uslovima i na istim principima. Odlukom nadležnih struktura, od februara 1996. godine ukinuti su ležeći kapaciteti (5 kreveta) koje smo imali u CMZ-u, tako da smo rad nastavili u okviru ostalih kapaciteta. 06.10.1998. godine Upravni odbor Kliničkog centra donosi odluku o ukidanju Centra za mentalno zdravlje, čime je status Zavoda, odnosno Odsjeka doveden u ozbiljnu krizu.
Kako nije bilo mogućnosti za radikalno rješavanje našeg pravnog statusa, internim dogovorom, bez pismenog rješenja, Odsjek je pripojen Psihijatrijskoj klinici Kliničkog centra Univerziteta u Sarajevu.
Na zahtijev Guvernera Kantona Sarajevo 1999 godine, stručnjaci Zavoda učestvuju u izradi Kantonalnog programa prevencije alkoholizma i narkomanije koji predstavlja okosnicu budućeg rada Zavoda kojim se predvida da Zavod bude stručno metodološki Centar za implementaciju ovog Programa. Na ovome se zasniva koncepcija buduće projekcije rada i razvoja Zavoda.
Iako je u ovom periodu došlo do laganog opadanja broja ambulantnih usluga a porasta broja hospitaliziranih, smatramo da to nije realan pokazatelj stanja ovisnosti u Federaciji, već posljedica socio-ekonomsko-političkih zbivanja u zemlji.
Nakon više p
onovljenih zahtjeva za rješavanje statusa Zavoda, Ministarstvo zdravstva Kantona Sarajevo uz saglasnost guvernera Kantona, u ljeto 2000. godine donose odluku o rekonstrukciji i otvaranju Odjeljenja za liječenje narkomana te rješavanje našeg pravnog statusa. 29.09.2000. godine zvanično je otvoreno Odjeljenje za narkomaniju Zavoda (stara zgrada hirurgije, KCUS), a od 09.11.2000. godine Skupština Kantona Sarajevo donosi Odluku o osnivanju Javne ustanove Zavod za alkoholizam i druge toksikomanije Kantona Sarajevo